The paper presents a recent Opinion of the Biohaz Panel of EFSA, which provides an evaluation of molecular typing methods that can be applied to the food-borne pathogens Salmonella, Campylobacter, Shiga toxin-producing Escherichia coli and Listeria monocytogenes. This evaluation is divided in two parts. First, commonly used molecular typing methods are assessed against a set of predefined criteria relating to discriminatory power, reproducibility, repeatability and current or potential suitability for international harmonisation. Secondly, the methods are evaluated regarding their appropriateness for use in different public health-related applications. These applications include outbreak detection and investigation, attribution modelling, the potential for early identification of food-borne clones with epidemic potential and the integration of the resulting data in risk assessment. The results of these evaluations provide updated insights into the potential use of molecular characterisation methods, including whole genome sequencing technologies, in microbial food safety. Recommendations are also made in order to encourage a holistic and structured approach to the use of molecular characterisation methods for food-borne pathogens; in particular, on the importance of structured co-ordination at international level to help overcome current limitations in harmonisation of data analysis and interpretation.

Cet article présente un avis récent du groupe scientifique de l'EFSA sur les dangers biologiques (BIOHAZ), qui évalue les méthodes de typage moléculaire pouvant être appliquées aux pathogènes liés aux aliments tels que Salmonella, Campylobacter, Escherichia coli Shigatoxigène (STEC) et Listeria monocytogenes. Cette évaluation est divisée en deux parties. D'abord, les méthodes de typage moléculaire couramment utilisées sont évaluées selon un ensemble de critères prédéfinis concernant le pouvoir de discrimination, la reproductibilité, la répétabilité et l'adaptation actuelle ou potentielle à l'harmonisation internationale. En deuxième lieu, les méthodes sont évaluées en vue de leur utilisation dans différentes applications liées à la santé publique. Parmi ces applications figurent la détection et l'investigation des flambées épidémiques, la modélisation de l'attribution, les possibilités d'identification précoce des souches d'origine alimentaire à potentiel épidémique et l'intégration des données résultantes dans l'évaluation des risques. Les résultats de ces évaluations permettent une vision actualisée de l'utilisation et du potentiel des méthodes de caractérisation moléculaire, y compris les technologies de séquençage du génome entier, pour la sécurité microbienne des aliments. Des recommandations sont également formulées afin d'encourager une approche holistique et structurée de l'utilisation des méthodes de caractérisation moléculaire concernant les pathogènes présents dans les aliments ; en particulier est soulignée l'importance d'une coordination structurée au niveau international afin de surmonter les limitations actuelles quant à l'harmonisation de l'analyse et l'interprétation des données.