L'aquaculture française présente des formes intensives ou extensives de piscicultures très variées, dans les divers milieux aquatiques d'eau douce, saumâtre ou marine. Leurs relations avec l'environnement sont soumises aux réglementations régissant la ressource en eau, la pêche, et les activités pouvant présenter des inconvénients pour la protection de la nature et l'environnement. Les piscicultures sont soumises à des autorisations délivrées par les autorités administratives locales selon des procédures complexes. Depuis 1997, l'aquaculture en eau douce est concernée par le système de taxes sur les pollutions. Par ailleurs, l'aquaculture est confrontée aux autres usages de l'eau et doit s'intégrer dans les schémas collectifs de gestion des milieux aquatiques. Les établissements piscicoles ont à respecter des obligations telles qu'une limitation des débits et des approvisionnements en eaux, des normes de qualité des effluents, des mesures techniques pour réduire l'impact des rejets, des dispositions visant la protection des peuplements de poissons dans le milieu naturel, des contrôles par l'administration. Face aux modifications fréquentes des réglementations et aux difficultés rencontrées lors de leur application, il apparaît une nécessité d'harmonisation entre les textes et dans leur interprétation. Dans ce contexte, le rôle des organisations professionnelles auprès des administrations, dans les diverses commissions et groupes de travail ainsi que leur participation à la recherche de solutions techniques pour réduire l'impact des piscicultures, s'avère essentiel pour que les particularités du secteur aquacole soient mieux prises en compte.