The use of classical culture and, more recently, modern molecular techniques to study microbial diversity in the rumen show a high animal to animal variability and, sometimes, contradictory information on diurnal variation pattern in their numbers. This work aimed to study the animal variation in diversity of rumen bacterial community within an established flock of Granadina goats. In a first period (I), three adult goats cannulated in the rumen were fed alfalfa hay for a month and samples of rumen contents collected at 0, 2 and 4 hours after the morning feeding in two non consecutive days. In two consecutive additional periods of one month duration, rumen content was transferred between animals and samples collected 2 h after the morning feeding in two non consecutive days. Total DNA was extracted from rumen samples and t-RFLP used to monitor bacterial dynamics. In Period I the bacterial profiles of each animal clustered separately, and were very similar along the day with no apparent differences between sampling day. In Periods II and III the animal was still the main clustering factor. Our results show that within an established flock of goats each animal harbours its own bacterial community and that there seems to be a day-to-day stability.

L'utilisation des techniques classiques de culture et, plus récemment, des techniques moléculaires pour étudier la diversité microbienne du rumen, fait apparaitre une haute variabilité d'un animal à l'autre, et, parfois, des informations contradictoires sur la variation diurne de la quantité de bactéries. Ce travail étudie la variabilité animale dans la diversité de la communauté bactérienne du rumen chez les chèvres de la race Granadina cannulées dans le rumen. Dans une première période (I) les animaux ont été nourris au foin de luzerne pour l'entretien pendant un mois et des échantillons du contenu du rumen ont été collectés à 0, 2 et 4 heures après l'alimentation de la matinée pendant deux jours non consécutifs. Pour évaluer la cohérence des différences observées pendant la période I, le contenu du rumen a été transféré parmi les animaux dans les périodes II et III au cours desquelles les chèvres ont également été nourries avec du foin de luzerne. Des échantillons du contenu du rumen ont été prélevés 2 h après l'alimentation de la matinée et pendant deux jours non consécutifs. L'ADN total a été extrait des échantillons et le Terminal restriction fragment polymorphism (t-RFLP) utilisé pour étudier la dynamique bactérienne. Pendant la période I, les profils bactériens de chaque animal ont été regroupés séparément. Ils étaient très semblables au cours de la journée et sans différence apparente entre les jours échantillonnés. Dans les périodes II et III, les différences entre les animaux dans la structure de la communauté bactérienne ont été réduites après l'échange de contenu du rumen bien que l'animal semble être le principal facteur de clustering. Dans le cadre d'un troupeau de chèvres établi, chaque animal porte sa propre communauté bactérienne et en deux semaines, une stabilité semble s'établir jour après jour, ce qui a des implications importantes pour la conception des protocoles expérimentaux.