Fait partie de [OMA109]

2014 - 843 p.

Genetic polymorphism study of the Tunisian Barbarine breed

Ressaissi Y., Bedhiaf-Romdhani S.

Tunisia is well endowed with a wealth of native sheep breeds. The Barbarine, also called “Nejdi”or “Arbi”, remains the main Tunisian sheep breed and it is raised in all regions with an abundance in the central region (43.3%). Although this breed has benefited from a programme of monitoring of performances for quite a long time, its productivity remains low. Thus its genetic management requires more attention. In this context the objectives of this study were to determine the genetic polymorphism in the Barbarine breed of the central region of Tunisia and to calculate genetic distances between genotyped animals. The genomic DNA of 24 purebreds Barbarine individual was extracted. These animals belong to the Tunisian Public Lands’s Office (OTD) herds which are located in the governorates of Kairouan and Sidi Bouzid (centre of Tunisia). These samples were amplified by the PCR using four microsatellite molecular markers. Genotyping analysis was performed by Bio-Capt, NTSYSpc and GENAlex6.2 softwares. The value of the PIC was 0.92, showing the effectiveness of the use of the microsatellite markers in the diversity analysis. The genetic diversity’s study has detected an average number of 11 alleles per locus. The allele frequencies were close and all loci were in disequilibrium compared to the act of Hardy-Weinberg equilibrium. The values of the observed heterozygosis (Ho) and the expected heterozygosis (He) were 0.23 and 0.88 respectively. Based on multi loci, the unbiased heterozygosis was 0.86 and was greater than the observed heterozygosis (0.12). The fixation index found, which reflects the deviation of the observed heterozygosity and the expected one, was positive in the range of 0.85 explaining an heterozygosis deficiency in the studied population. This means that the structure of these two farms showed an increased homogeneity between herds and management of genealogies in the mating strategy seems to be missing in the Tunisian central region, which could lead to a loss of genes.

La race Barbarine, appelée « Nejdi » ou « Arabi », demeure la principale race ovine tunisienne et colonise toutes les régions avec une abondance dans la région centrale (43.3%). Bien que cette race ait bénéficié d’un programme de contrôle de performances, sa productivité reste faible et sa gestion génétique nécessite encore plus d’intérêt. Les objectifs de cette étude sont de déterminer le polymorphisme génétique au sein de la race Barbarine de la région centrale de la Tunisie et de calculer les distances génétiques entre les animaux génotypés. Les ADN génomiques de 24 animaux de race Barbarine, appartenant aux troupeaux de l’OTD localisés dans les gouvernorats de Kairouan et de Sidi Bouzid, sont extraits. Ces échantillons sont amplifiés par 4 marqueurs moléculaires de type microsatellites. Le génotypage est réalisé par deux logiciels statistiques (Bio-Capt et NTSYSpc) pour la construction de dendrogramme et de la matrice de similarité entre les animaux. L’étude de la diversité génétique est faite par le logiciel GENAlex6.2. L’étude de la diversité génétique a permis de détecter un nombre moyen d’allèles par locus de 11. Les valeurs de l’hétérozygotie observée (Ho) et de l’hétérozygotie attendue (He) sont respectivement de 0,23 et 0,88. Sur la base de multi-loci, l’hétérozygotie non biaisée est de 0,86 et dépasse la valeur de l’hétérozygotie observée (0,12). L’indice de fixation (F), qui traduit l’écart entre les individus trouvé à l’état hétérozygotie et l’état d’hétérozygotie attendu, est positif de l’ordre de 0,85. Ces résultats expliquent un déficit en hétérozygotie dans la population étudiée. La valeur moyenne du PIC est de 0,92 montrant l’efficacité de l’utilisation des marqueurs microsatellites dans l’analyse de la diversité. Le coefficient de similarité est très important de 0,8 soit une distance génétique très faible de 0,2. La structuration de ces deux fermes révèle une homogénéité entre les troupeaux et la gestion de la généalogie dans les stratégies d’accouplement semble être manquante dans la région centrale de la Tunisie, ce qui pourrait entrainer une perte de gènes.

Mots-clés    

DIVERSITE, OVIN, POLYMORPHISME

Citer cet article    

Ressaissi Y., Bedhiaf-Romdhani S. Genetic polymorphism study of the Tunisian Barbarine breed. In : Baumont R. (ed.), Carrère P. (ed.), Jouven M. (ed.), Lombardi G. (ed.), López-Francos A. (ed.), Martin B. (ed.), Peeters A. (ed.), Porqueddu C. (ed.). Forage resources and ecosystem services provided by Mountain and Mediterranean grasslands and rangelands. Zaragoza : CIHEAM / INRA / FAO / VetAgro Sup Clermont-Ferrand / Montpellier SupAgro, 2014. p. 391-394. (Options Méditerranéennes : Série A. Séminaires Méditerranéens; n. 109). Joint Meeting of the "Mountain Pastures, Mediterranean Forage Resources (FAO/ESCORENA-CIHEAM) and Mountain Cheese" Network, 2014/06/24-26, Clermont-Ferrand (France). http://om.ciheam.org/om/pdf/a109/00007748.pdf