The aim of this work was to analyse microbial communities in two artificial rumen systems, Rusitec and single-flow continuous culture fermenters (SFCCF), fed two diets containing alfalfa hay and concentrate in the proportions of 80:20 and 20:80. Eight fermenters of each type were run for 14 days. On days 13 and 14, total effluent was collected and homogenized in a blender at low speed for 1 min and lyophilized. In order to study microbial diversity, DNA was isolated from samples (120 mg) of lyophilized effluent and the V3-4 region of the 16S rDNA gene was amplified by PCR and analysed by using single-strand-conformation polymorphisms (SSCP). Distinct clusters were observed for Rusitec and SFCCF samples. Microbial diversity, assessed using Shannon's index (H') was higher (P < 0.01) in SFCCF than in Rusitec. Within systems, samples were grouped together according to diet, but H' was not affected (P > 0.05) by diet or system. Similarity between fermenters in PCR-SSCP banding patterns was higher in the Rusitec than in SFCCF for both diets. Under the conditions of the present experiment, microbial populations were affected by diet in both systems, and microbial diversity was different in both types of fermenters.

Les populations microbiennes ont été étudiées dans deux systèmes de rumen artificiel, le Rusitec et des fermenteurs à flux simple (SFCCF), qui ont reçu deux rations à base de foin de luzerne et de concentré dans des proportions de 80:20 et de 20:80. Huit fermenteurs de chaque type ont été utilisés pendant 14 jours. Aux jours 13 et 14, l'effluent total a été rassemblé et homogénéisé dans un mélangeur à vitesse réduite pendant une minute et lyophilisé. Afin d'étudier la diversité microbienne, l'ADN a été isolé dans les échantillons (120 mg) d'effluent lyophilisé, et la région V3-4 du gène du rDNA 16S a été amplifiée par PCR et analysée en employant les polymorphismes de la conformation des simples brins (SSCP). On a observé deux clusters distincts pour des échantillons du Rusitec et des SFCCF. La diversité microbienne, évaluée en utilisant l'index de Shannon (H') a été plus élevée (P < 0,01) dans le SFCCF que dans le Rusitec. Les échantillons ont été groupés par régime dans chaque système, mais l'index H' n'a pas été affecté (P > 0,05) par le régime ni par le système in vitro. La similitude entre les fermenteurs dans les profils de bandes de PCR-SSCP a été plus élevée dans le Rusitec que dans les SFCCF pour les deux régimes. Dans les conditions de cet essai, les communautés microbiennes ont été affectées par le régime dans les deux systèmes, et la diversité microbienne a été différente dans les deux types de fermenteurs.