Bayesian methods have been proposed for estimating hidden population substructures in closely related populations. A sampling of 64 Duroc and 170 Iberian pigs, assigned to two strains (Torbiscal and Guadyerbas), two red varieties (Retinto, Entrepelado) and one black hairless variety (Lampiño) was genotyped for 36 microsatellites. An optimal partition of only five clusters was estimated, when the previous assignation to six pig groups was taken into account. The analysis without pre-assigned groups showed a more complex partition: (i) most of the Duroc pigs were grouped into the same cluster; (ii) the cluster of greater size included entirely the Entrepelado variety and most of the Retinto and Lampiño pigs; and (iii) the remaining seven clusters grouped pigs from five small isolated herds or from Torbiscal and Guadyerbas closed strains. Genotypes of MC1R coat color gene also revealed a large intercross between black and red Iberian varieties. The future definition of conservation units in the Iberian breed should consider these results.

Des méthodes bayésiennes ont été proposées pour évaluer la sous-structure cachée de populations très proches. Un échantillon de 64 porcs Duroc et 170 porcs Ibériques, appartenant à deux lignées (Torbiscal et Guadyerbas), deux souches rouges (Retinto et Entrepelado) et une noire sans poil (Lampiño) a été génotypé pour 36 microsatellites. Une partition optimale en seulement cinq groupes a été estimée, quand l'assignation préalable en six groupes de porcs a été prise en compte. L'analyse sans assignation préalable a montré une partition optimale plus complexe : (i) la plupart des porcs Duroc étaient groupés dans le même cluster ; (ii) le groupe le plus grand contenait tous les porcs de souche Entrepelado et la plupart des animaux Retinto et Lampiño ; et (iii) sept autres clusters englobaient des porcs de cinq petits troupeaux isolés ou des lignées fermées Torbiscal et Guadyerbas. Les génotypes du gène de couleur du pelage MC1R montrent aussi un important croisement entre les souches Ibériques noires et rouges. La future définition des unités de conservation de la race Ibérique devrait tenir compte de ces résultats.