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Is it possible the breed origin traceability of Iberian pigs?
Two different approaches for the verification of Iberian breed origin, in both animals alive and meat products, are jointly described in this study. The former is based on two genes that present polymorphisms with alleles that are exclusive (MC1R*4) or present high frequencies (IGF2 g.3072A) in Duroc breed and are absent in Iberian. The use of these markers allows to discriminate Iberian purebred from crossbred Duroc x Iberian but it does not fully detect pigs with a lower proportion of Duroc genes. The second approach is centered on the use of single nucleotide polymorphisms (SNP) presenting divergent frequencies in both breeds. After hybridization with PorcineSNP60 BeadChip of samples from different Iberian (26) and Duroc (15) origins, we selected 96 SNPs with differences of allelic frequencies larger than 0.8 and evenly distributed over the 18 autosomes. Simulations were carried out estimating that 48 out of these SNPs would allow the verification of breed origin, with errors ranging from 1% to 4%, both in purebred and in crossbred animals with different Duroc proportion. Two diagnostic analyses based respectively on 750 and 230 samples genotyped for the panel of 96 SNPs have been performed with different purposes and satisfactory results.
Deux approches sont décrites pour vérifier l’origine de la race Ibérique, applicables aux animaux vivants ainsi qu’à leurs produits dérivés, grâce à l’utilisation de marqueurs génétiques. La première est basée sur l’utilisation de deux gènes qui présentent des polymorphismes avec des allèles fixés (MC1R*4) ou qui présentent une fréquence élevée (IGF2 g.3072A) chez la race Duroc et qui sont absents chez la race Ibérique. L’utilisation de ces marqueurs permet de discriminer les génotypes Ibériques purs par rapport aux animaux issus de croisements Duroc x Ibérique, mais ne détecte pas complètement les porcs ayant un fond génétique Duroc moins important. La deuxième approche est basée sur l’utilisation des polymorphismes de type SNP, présentant des fréquences alléliques différentes chez les deux races. Après hybridation des échantillons de différentes origines Ibériques (26) et Duroc (15) sur la puce de génotypage PorcineSNP60 BeadChip, nous avons sélectionné 96 SNPs parmi ceux qui présentaient des différences inter-races de fréquences alléliques supérieures à 0,8 et qui étaient répartis sur les 18 autosomes. Les simulations réalisées estiment que l’utilisation de 48 de ces SNPs permettrait la répartition par race des animaux purs et croisés avec Duroc dans des proportions différentes, en obtenant des taux d’erreur compris entre 1% et 4%. Nous avons réalisé deux analyses diagnostiques basées sur le génotypage de 750 et 230 échantillons, respectivement, sur le panel de 96 SNPs, avec des objectifs différents et des résultats satisfaisants.
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Mots-clés
ESPAGNE, MARQUEUR GENETIQUE, MODELE DE SIMULATION, POLYMORPHISME GENETIQUE, PORCIN, RACE INDIGENE, TRACABILITE, VIANDE PORCINECiter cet article
Alves E., Fernández A.I., García-Cortés L.A., Lopez A., Benítez R., Rodríguez C., Silió L. Is it possible the breed origin traceability of Iberian pigs?. In : De Pedro E.J. (ed.), Cabezas A.B. (ed.). 7th International Symposium on the Mediterranean Pig. Zaragoza : CIHEAM, 2012. p. 565-571. (Options Méditerranéennes : Série A. Séminaires Méditerranéens; n. 101). 7. International Symposium on the Mediterranean Pig, 2010/10/14-16, Córdoba (Spain). http://om.ciheam.org/om/pdf/a101/00006747.pdf