One of the main tasks in animal breeding is the identification of genes controlling economically important traits. Several polymorphisms (SNPs) in genes associated with growth, fatness, meat quality, disease resistance and prolificacy have been described in pigs and some of these SNPs have been incorporated in breeding programmes of pig industry. However, most of these SNPs are not functional and therefore they may not show any phenotypic effect in a particular population. Besides, most of them are fixed or at low frequency in Iberian pigs. We propose a new approach to identify new SNPs in complex candidate genes for designing useful genetic tests to select Iberian pigs. As an example, we have selected, from the PorcineSNP60 BeadChip genotype information, one panel of 96 SNPs flanking FAT1 SSC4 QTL, Leptin Receptor (LEPR) and Acetyl Coenzime-A Carboxilase (ACACA) genes regions. A total of 334 Iberian pigs from AECERIBER performance tests were genotyped with this panel. Significant effects of five SNPs on growth, ham and loin weight were detected. The ability of this approach to identify genetic markers useful as a tool for selecting Iberian pigs is discussed.

Une des principales activités en amélioration génétique animale est l’identification de gènes responsables de caractères d’intérêt économique. Plusieurs polymorphismes (SNPs) localisés dans des gènes associés avec la croissance, l’engraissement, la qualité de la viande et la prolificité ont été décrits chez le porc. Certains de ces SNPs, conjointement avec les informations de performances, sont utilisés par la filière porcine. Toutefois, la plupart de ces SNPs ne sont pas fonctionnels, et selon la population étudiée, n’ont pas systématiquement un effet phénotypique. De plus, la plupart d’entre eux sont fixés ou ont une fréquence faible chez les porcs Ibériques. Nous proposons une nouvelle approche pour identifier de nouveaux SNPs dans des gènes candidats complexes, et pour réaliser des tests génétiques utiles à la sélection des porcs Ibériques. Nous avons sélectionné, à partir des résultats de génotypage de la puce PorcineSNP60, un panel de 96 SNPs flanquant le QTL FAT1 et les régions des gènes du Récepteur à la Leptine (LEPR) et de l’Acétyl-CoA Carboxylase (ACACA). 334 porcs Ibériques issus du programme de tests de performances AECERIBER ont été génotypés grâce à ce panel. Des effets significatifs de cinq SNPs ont été détectés pour les caractères de croissance, et de poids de jambon et de filet. La capacité de cette approche à identifier des marqueurs génétiques utiles à la sélection des porcs Ibériques est discutée.