La classification botanique de l'amandier et des espèces apparentées a souffert d'une variabilité constante dès les origines de la systématique botanique par Linné. La considération par celui-ci d'Amygdalus comme un genre différent de Persica, Armeniaca, etc., mais pas comme un sous-genre du genre Prunus est un problème pas encore résolu dans certaines publications récentes, même si les possibilités d'hybridation entre membres de ces sous-genres soutiennent le fait de considérer Prunus comme un seul genre comprenant toutes les espèces fruitières à noyau (le vrai genre Prunus sensu lato). Pour cette raison, on propose l'adoption d'une terminologie commune, avec Prunus amygdalus Batsch comme nom de l'amandier cultivé et avec toutes les espèces apparentées comme espèces du sous-genre Amygdalus (L.) Focke du genre Prunus L.