Dans les années 1940, trois instituts ont été créés, constituant l'embryon de la structure de l'actuelle recherche agronomique au sein du Ministère de l'Agriculture, la Pêche et l'Alimentation (MAPA). La fusion de ces trois Instituts d'Agriculture, Elevage et Forêts a abouti à la création de l'actuel Institut National de la Recherche et la Technologie Agroalimentaire (INIA), organisme chargé de la gestion du Programme Sectoriel de R+D agro-alimentaire du MAPA. Dans une structure antérieure, l'INIA comptait 11 centres régionaux, dépendants de l'organisation centrale. Au début des années 1980, la décentralisation de l'INIA a été entamée. Chacune des 17 Communautés Autonomes a établi ses propres services de R+D, dans la plupart des cas à partir des centres régionaux INIA dont la dépendance a été transférée aux Gouvernements Autonomes. La gestion du Programme Sectoriel de R+D du MAPA s'exécute d'une manière collective entre la Direction Générale de l'INIA et les Directeurs Généraux de Recherche Agronomique de tous les Gouvernements Autonomes, par le biais d'une Commission de Coordination de la Recherche Agronomique. Ces services sont également financés par les budgets des Gouvernements Autonomes, par la participation à des appels d'offre différents de ceux de l'INIA, ainsi que par des accords avec le secteur privé. D'autres organismes publics de recherche tels que le Conseil Supérieur de la Recherche Scientifique et l'Université, réalisent également des activités de recherche agro-alimentaire.