Small ruminants are one of the main sources of meat and milk around the world. The improvement and conservation of these species constitute major challenges for their sustainable contribution to the needs of human populations. Some morphological variations of individuals reflect the diversity of their adaptive potential and their zootechnical performances. The aim of this work is to analyze whole genome data of 160 unrelated local sheep, at a depth of 12X, sampled to represent the ecological and geographical diversity of Morocco. It aims at studying the genomic bases of their phenotypic variations by associating the genomic variations noted with the best possible resolution of the genomes (sequences of the complete genomes) with a certain number of morphometric indicators which affect the adaptive potential (ie. ears length) or the productive potential (ie. shoulder height, barrel tour). This association, carried out via genome wide association approaches (GWAS) will make it possible to highlight the possible genomic mutations responsible for these variations, among which we can identify those involved in adaptation to different climatic environments and those linked to the best zootechnical performances. These mutations should make it possible to incorporate these variations, after their validation, into selection schemes to improve the productivity of these species and their adaptability to certain climatic conditions.

Les petits ruminants sont l’une des principales sources de viande et de lait dans le monde. L’amélioration et la conservation de ces espèces constituent des défis majeurs pour leur soutien durable aux besoins des populations humaines dans ces produits. Certaines variations morphologiques d’individus reflètent la diversité de leur potentiel adaptatif et de leurs performances zootechniques. Le but de ce travail est d’analyser les données de génome entier de 160 moutons locaux non apparentés, à une profondeur de 12X, échantillonnés pour représenter la diversité écologique et géographique du Maroc. Il s’agit d’étudier les bases génomiques de leurs variations phénotypiques en associant les variations génomiques relevées à la meilleure résolution possible des génomes (séquences de génomes complets) avec un certain nombre d’indicateurs morphométriques qui affectent le potentiel adaptatif (longueur des oreilles) ou le potentiel de production (e.g. hauteur au garrot, tour des canons). Cette association, réalisée via des approches d’association pangénomique (GWAS), permettra de mettre en évidence les mutations génomiques possibles responsables de ces variations, parmi lesquelles nous pouvons identifier les acteurs de l’adaptation à différents environnements climatiques et ceux liés aux meilleures performances zootechniques. Ces mutations devraient permettre d’intégrer ces variations, après leur validation, dans des schémas de sélection visant à améliorer la productivité de ces espèces et leur adaptabilité à certaines conditions climatiques.