Sheep farming plays a key role in Moroccan agriculture and is one of the main sources of meat in the country. The main purpose of this study is to characterize diversity and demographic history as well as intra and inter-population selection signatures in the main sheep breeds raised in Morocco using their entire genomes. These local sheep breeds are characterized by a high genetic diversity and thus by a high adaptive potential. Therefore, they represent a valuable genetic resource for the conservation of the sheep species on a worldwide scale. The complete genome data from 87 individuals representing five predominant local sheep breeds in Morocco were used to infer demographic history, which has made it possible to estimate the evolution of the effective population size over time. Two methods were used to investigate selection signatures: one to detect putative regions under selection within each of these breeds and the second to detect selection signatures that differentiate the breeds one from the other. We identified several hundreds of regions/genes under selection from the studied breeds. We highlighted several biological processes involved in local adaptation as well as those linked to zootechnical performances characterizing each breed. Findings of this study increased our understanding on how genetic diversity is distributed in local breeds.

L’élevage ovin joue un rôle clé dans l’agriculture marocaine et constitue l’une des principales sources de viande dans le pays. Le but principal de cette étude est de caractériser la diversité et l’histoire démographique ainsi que les signatures de sélection intra et inter population dans les principales races ovines élevées au Maroc en utilisant leurs données de génomes entiers. Ces races ovines locales se caractérisent par une grande diversité génétique et donc par un potentiel d’adaptation élevé. Par conséquent, ils représentent une ressource génétique précieuse pour la conservation des espèces de moutons à l’échelle mondiale. Les données complètes du génome de 87 individus représentant cinq races ovines locales prédominantes au Maroc ont été utilisées pour déduire l’historique démographique, ce qui a permis d’estimer l’évolution de la taille efficace de la population au fil du temps. Deux méthodes ont été utilisées pour étudier les signatures de sélection : une pour détecter les régions présumées sous sélection dans chacune de ces races et la seconde pour détecter des signatures de sélection différenciant les races les unes des autres. Nous avons identifié plusieurs centaines de régions / gènes sous sélection parmi les races étudiées. Nous avons mis en évidence plusieurs processus biologiques impliqués dans l’adaptation locale ainsi que ceux liés aux performances zootechniques caractérisant chaque race. Les résultats de cette étude ont permis de mieux comprendre la répartition de la diversité génétique dans les races locales.