Iberian pig meat is a remarkable constituent of the healthy Mediterranean diet. The organoleptic and nutritional properties of Iberian pig products are influenced by both genetic and environmental factors including the animal’s diet. To investigate the potential impact of genotype and diet on gene expression eventually controlling taste and texture of the meat, we performed an in-depth transcriptomics analysis of the Iberian versus Duroc pig muscle from differentially fed animals. Muscle tissue samples were frozen in liquid nitrogen immediately after sacrificing the animals and stored at –80 ºC. Total RNA was extracted, retrotranscribed to cDNA and subjected to SuperTag Digital Gene Expression (ST-DGE) functional genomics analysis. The generated sequences were then counted and annotated to entries in public databases to assign potential functions to the expressed genes. To this end we identified significant breed-specific as well as diet-specific expression profiles of known as well as from hitherto unknown genes, involved in metabolic pathways related to the quality of Iberian meat products. These results demonstrate the power of genomics in general and transcriptomics in particular to identify differentially expressed profiles and putative candidate genes for quality control, certification and traceability, helping breeders and farmers to produce both animals and derived products (like ham) with higher nutritional value and improved organoleptic properties, to further enhance the healthy Mediterranean diet.

La viande de porc Ibérique est un constituant remarquable de la saine alimentation méditerranéenne. Les propriétés organoleptiques et nutritionnelles des produits du porc Ibérique sont influencées par des facteurs génétiques et environnementaux, y compris l'alimentation de l'animal. Pour étudier l'impact potentiel du génotype et du régime alimentaire sur l'expression génique du goût et éventuellement le contrôle et la texture de la viande, nous avons effectué une analyse en profondeur du transcriptome du muscle du porc Ibérique par rapport aux porcs Duroc à partir d'animaux nourris différemment. Des échantillons de tissus musculaires ont été congelés dans l'azote liquide immédiatement après l'abattage des animaux et conservés à -80º C. L'ARN total a été extrait, rétrotranscrit en ADNc et soumis à une analyse génomique fonctionnelle pour l'expression des gènes moyens selon la technique SuperTag (ST-DGE). Les séquences ont alors été comptées et annotées pour leur entrée dans des bases de données publiques pour assigner des fonctions potentielles aux gènes exprimés. À cette fin, nous avons identifié des profils d'expression significatifs spécifiques de la race ainsi que de l'alimentation, pour des gènes connus ainsi qu'inconnus jusque-là, impliqués dans les voies métaboliques liées à la qualité des produits de la viande du porc Ibérique. Ces résultats démontrent la puissance de la génomique et de la transcriptomique en général, et en particulier pour l'identification des profils différentiellement exprimés et des gènes candidats putatifs pour le contrôle, la certification de la qualité et la traçabilité, afin d'aider les éleveurs et les agriculteurs à produire des animaux et des produits dérivés (comme le jambon) ayant une valeur nutritionnelle plus élevée et de meilleures propriétés organoleptiques, pour améliorer encore le sain régime méditerranéen.